規 定 2001年8月26日
１. 本学会分野における振興のため、以下に挙げる国際生命情報科学会（ISLIS）学会賞を授与することができる。
優秀論文賞：特に優秀と認められた原著論文の著者。
奨励発表賞：特に将来性、または独創性があると認められた発表の発表者。
功 労 賞：本学会、または本学会の分野に特に功労が認められた者、または団体。
２. 優秀論文賞、奨励発表賞の受賞資格は、選考時点および受賞時点で、本学会の専門会員、正会員、学生会員に限るものとする。
３. 授与後に受賞者または団体の業績が否定されたとき、またはそこに重大な疑義が生じたときには、授与を取り消すことができる。
４. 選考方法については別途、規則に定める。
５. 本規定は2001年8月27日より施行する。ただし、それ以前の成果も対象とできる。
規 則 2001年8月26日
学会賞選考方法
１. 各賞の候補者は選考委員会が選出し、常務理事会の承認を受けるものとする。
２. 選考委員（若干名）は専門会員の中から常務理事会が推薦し、理事会の承認を得て、会長が委嘱する。任期は1年とし、再任を妨げない。
３. 優秀論文賞は、年2回以上の選考時点（過去のものも含む）で、特に優秀と認められた原著論文があれば選考し、受賞資格のある共著者全員に授与する。
４. 奨励発表賞は、学術顧問と専門会員による推薦を参考にして、選考委員会が毎回のシンポジウム終了後選考し、特に優秀と認められた発表があれば受賞資格のある連名者全員に授与する。
５. 功労賞は、過去も含めその時点までに本学会、または本学会の分野に特に功労が認められた者、または団体があれば、その都度、授与する。
６. 選考の詳細は選考委員会にゆだねるものとする。
学会賞選考委員の選任 2010年8月1日
１. 学会賞選考委員は当面、学術顧問および理事会構成員（優秀論文賞は、さらに編集委員も含む）とする。
２. 委員長は、選考委員の互選による。当面、河野貴美子（ISLIS副会長、国際総合研究機構）が務める。
３. 任期は、各年度の4月1日から3月31日までの1年間とする。
４. 再任は妨げない。
学会賞選考委員会内規 2001年8月26日
奨励発表賞
１. 推薦用紙はシンポジウム受付で推薦資格確認の上、配付する。
２. 推薦箱を設置し、シンポジウム開会から閉会直後まで随時投函可とする。
３. 推薦用紙（別紙案）に1～3演題、順位を付けて推薦、順位による重み付け（1位×3、2位×2、3位×1）を考慮して選考の参考とするが、候補者選定は選考委員会の審議による。
４. 受賞証明は郵送により即、受賞者に送付される（受賞日付はシンポジウム最終日とする）。受賞結果をISLIS誌に掲載すると共に、次回シンポジウム総会の席上表彰式を行う。
優秀論文賞
１. ISLIS誌発行後、学術顧問、専門会員、およびISLIS誌編集委員に推薦用紙を送り、過去の論文をふくめて推薦を募る。
２. 選考委員会にて、推薦を参考に選考する。
３. 受賞証明は郵送により即、受賞者に送付される（受賞日付は授賞決定日とする）。受賞結果をISLIS誌に掲載すると共に、次回シンポジウム総会の席上表彰式を行う。